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各種藥物或多或少都有副作用，抗生素也是一樣。不同的抗生素有不同 的副作用，常見的有藥物過敏引起的藥物疹、胃腸不適、肝臟功能異常、 腎臟功能異常等，不必要的使用抗生素就會面對產生不必要的副作用的危 機。不但不能治療疾病，反而產生其他問題。
任意不適當的使用抗生素會有什麼不良影響呢？濫用抗生素會導致的危機有下列各點：
抗藥菌種的產生
根據過去的一些報告及各大醫院的統計分析顯示，香港很多臨床致病菌的抗藥性比例相當的高，如金黃色葡萄球菌、肺炎雙球菌、淋病雙球菌、流行性感冒嗜血桿菌等。這些抗藥性情形相較歐美的報告，顯然高出很多。據研究指出，這和香港的抗生素濫用有相當大的關係。
得到另類的感染 (Superinfection)
我們身體本來體內就存在有許多細菌，如腸胃道的大腸桿菌、口腔的 鏈球菌等，這些細菌不但對我們身體無害且有益，可幫助體內的消化吸收， 並可幫助我們對抗致病細菌的入侵。但若使用抗生素不當，把這些有益的 體內常駐菌殺光，這時候具抗藥性的有害致病菌就有可能趁虛而入。因而 得到另一波的感染，且是較具抗藥性的細菌感染。
使診斷更加困難
臨床正確的使用抗生素，常要依賴檢體的細菌培養結果，未做適當的培養之前就貿然使用抗生素，常會影響細菌的培養，使臨床的診斷更加困難。
若在抗生素使用後，病情未能獲得好轉且診斷不明，若未能事先取檢體做 培養，此時就喪失了一個診斷的好工具了
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「藥物過敏反應」是一種身體的免疫反應。如果人體對某種藥物有過敏反應，只要小量此藥便可引致身體產生溫和或有生命危險的過敏反應。所以我們不可忽視藥物過敏反應所帶來的影響。藥物過敏反應與藥物副作用不同，它是不能預知的。而藥物副作用是可預知的藥物對身體不同器官和系統的影響，但本身不是一種身體的免疫反應。
怎樣產生﹖
藥物過敏反應的產生是因為身體的免疫系統視某種藥物為外來物質，而作出反應來保護身體。常見引致過敏反應的藥物包括﹕（一）抗生素（尤其是盤尼西林）、（二）疫苗、（三）抗癲藥、（四）作診斷用途的顯影液、（五）抗癌藥、（六）麻醉藥、（七）胰島素。
有何徵狀﹖
最常見的徵狀包括﹕痕癢、皮膚紅腫、流鼻水等。藥物過敏反應的徵狀可在服藥後數分鐘或數天產生，約一半的藥物過敏反應會在服藥後1星期產生，一般敏感徵狀會在停藥後3至5天才消失。此外，任何藥物都有可能引起休克性敏感反應，這種反應產生突然而且嚴重，會影響全身，症狀包括斑疹、喉嚨腫脹、呼吸出現喘聲，以及身體某些部位出現腫脹等。若有這些徵狀出現，尤其是呼吸困難，便應立即到醫院急症室求助，並告知主診醫生曾服食的藥物包括處方藥物、非處方藥物、中藥、維他命等。
維持多久﹖
藥物過敏反應的影響可維持數分鐘至數小時不等，視乎服食藥物的分量和敏感的嚴重性。
怎樣預防﹖
因為藥物過敏反應不能預測，所以最有效的預防方法是避免服食曾有過敏反應的藥物。告知所有醫護人員你對何種藥物曾有過敏反應，核對所服藥物的「學名」，必要時可向醫生或藥劑師查詢。
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妊娠期用藥有可能影響胎兒的正常發育，這一點目前已引起人們的高度重視，但也不可談藥色變，得了病硬扛著不治，尤其是感染性疾病，這樣對孕婦及胎兒都不利。其實妊娠期只要正確選用抗生素，是能做到既能治療孕婦疾病又不影響胎兒健康的。
目前已有足夠的證據證明，青霉素類（如青霉素(penicillin)、氯唑西林鈉(Cloxacillin sodium） 、阿莫西林(Amoxicillin))及頭孢菌素類（如頭孢唑林鈉（Cefazolin）、頭孢西丁(Cefoxitin)、頭孢曲松 (Ceftriaxone)等），抗生素對胎兒是安全的。以上兩類藥物都能抑制細菌細胞壁合成而起到殺菌作用，人的細胞沒有細胞壁，故藥物的毒性低，可安全用於妊娠各期感染患者。大環內酯類(如紅霉素(Erythromycin)、克拉霉素(Clarithromycin)等)毒性也小，也可用於孕婦。
氨基糖類抗生素(如硫酸鏈霉素(Streptomycin)、硫酸新霉素(Neomycin) 等)，對胎兒聽力及腎髒有損害。四環素類抗生素(如四環素(Tetracycline)、土霉素(Oxytetracycline)等)，容易經胎盤進入胎兒體內，孕早期可致胎兒畸形，四肢發育不良及小肢畸形，孕中期可致牙蕾發育不良，從而使乳牙呈棕黃色及牙釉質發育不良，恆牙發育也受影響，易造成齲齒，孕後期可引起肝、腎損害。磺胺類，磺胺甲基異惡唑(sulfonamide)等，容易通過胎盤進入胎兒體內，與血漿蛋白結合，而將膽紅素替換出來導致新生兒黃疸。甲硝唑類(metronidazole)藥物容易通過胎盤進入胎兒體內，動物實驗有致畸作用，尤其是妊娠頭3個月，組織器官形成時期更是危險，故不宜應用。
總之，妊娠期患了感染性疾病既不可以忽視，也不可盲目濫用藥物，要及時到醫院在醫生指導下合理選用藥物進行治療。
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